cannabis 发表于 2004-6-13 18:02:22

我也是作生物信息的,呵呵,有机会讨论一下

默难 发表于 2004-7-18 01:12:35

遗传算法……好像和生物信息不太沾边啊……
所谓遗传算法,是一种受到生物进化启发的算法。
里面有类似进化中用到的遗传 变异等东西还有就是优胜劣汰的思想
另外,假设一般被描述为二进制的位串
具体描述如下:

GA(Fiteness, Fitness_threshold,p,r,m)
                Fitness:适应度平分函数,为给定假设富余一个评估分数
                Fitness_threshold:指定中指判断的阈值
                p:群体中包含的假设的数量
                r:每一步通过交叉取代群体成员的比例
                m:变异率
        o 初始化群体:P<-随机产生p个假设
        o 评估:对于P中的每个h,计算Fitness(h)
              +-               -+                     
        o 当|maxFitness(h)| < Fitness_threshold,做:
              +-h            -+
                产生新的一代Ps:
                1 选择:用概率方法选择P中的(1-r)p个成员加入Ps。
                  从P中选择假设hi的概率Pr(hi)用下面的公式计算:
                                        Fitness(hi)
                        Pr(hj)=---------------------
                                         p
                                   SUM   Fitness(hj)
                                         j=i
                2 交叉:根据上面给出的Pr(hi),从P中按概率选择r*p/2对
                  假设。对于每对假设<h1,h2>,应用交叉算子产生两个
                  后代。把所有的后代加入Ps
                3 变异:使用均匀的概率从Ps中选择m%的成员。对于选出的每
                  个成员,在它的表示中随机选择一个位取反
                4 更新:P<-Ps
                5 评估:对于P中的每个h计算Fitness(h)
        o 从P中返回适应度最高的假设

xurwxj 发表于 2004-12-15 17:06:36

源代码在哪里啊,谢谢,我也想看看,幸许能帮上忙
页: 1 [2]
查看完整版本: 遗传基因算法源代码