遗传基因算法源代码

cannabis

我也是作生物信息的，呵呵，有机会讨论一下

默难

遗传算法……好像和生物信息不太沾边啊……
所谓遗传算法，是一种受到生物进化启发的算法。
里面有类似进化中用到的遗传 变异等东西还有就是优胜劣汰的思想
另外，假设一般被描述为二进制的位串
具体描述如下：
[code:1]
GA(Fiteness, Fitness_threshold,p,r,m)
                Fitness:适应度平分函数，为给定假设富余一个评估分数
                Fitness_threshold:指定中指判断的阈值
                p:群体中包含的假设的数量
                r:每一步通过交叉取代群体成员的比例
                m:变异率
        o 初始化群体：P<-随机产生p个假设
        o 评估：对于P中的每个h，计算Fitness(h)
              +-               -+                     
        o 当  |  maxFitness(h)  | < Fitness_threshold  ，做：
              +-  h            -+
                产生新的一代Ps:
                1 选择：用概率方法选择P中的(1-r)p个成员加入Ps。
                  从P中选择假设hi的概率Pr(hi)用下面的公式计算：
                                          Fitness(hi)
                        Pr(hj)=---------------------
                                         p
                                     SUM   Fitness(hj)
                                         j=i
                2 交叉：根据上面给出的Pr(hi)，从P中按概率选择r*p/2对
                  假设。对于每对假设<h1,h2>,应用交叉算子产生两个
                  后代。把所有的后代加入Ps
                3 变异：使用均匀的概率从Ps中选择m%的成员。对于选出的每
                  个成员，在它的表示中随机选择一个位取反
                4 更新：P<-Ps
                5 评估：对于P中的每个h计算Fitness(h)
        o 从P中返回适应度最高的假设
[/code:1]

xurwxj

源代码在哪里啊，谢谢，我也想看看，幸许能帮上忙